El 17 de junio de 2020, el Fondo Nacional del Fomento al Turismo publicó una modificación al proyecto del Tren Maya. El cambio consiste en una extensión del tramo 4, denominado Golfo 3, que corría entre Izamal y Tulum. En el nuevo trazado, el tramo llegará hasta Cancún y, de ahí correrá hacia Tulum en el sur, por lo que el proyecto es ahora, un circuito cerrado.

La modificación significa la construcción de 61 kilómetros adicionales de vía férrea que correrán paralelos a la Autopista 180D Mérida-Cancún. Fonatur justificó la modificación con el argumento de que el antiguo tramo circulaba sobre una zona con alto nivel de erosión, lo que complicaba la construcción. El trazado más reciente usa la infraestructura carretera de la autopista, por lo que la vía correrá paralela a ésta.

La modificación significó un incremento en el costo total del proyecto. Esta cifra está compuesta por la suma del Monto total de inversión, que es de 156 mil millones 444 mil pesos, los gastos de Mantenimiento y operación, que son 134 mil 771 millones, más 21 mil 400 millones de IVA y los Gastos no asociados a mantenimiento y operación, que son 7 mil 801 millones de pesos. El total sería de 321 mil 384 millones 873 mil pesos.

La obra no contempla el costo asociado a la adaptación del sistema ferroviario para que el tren funcione parcialmente con energía eléctrica, por lo que es posible que el costo aumente en ese rubro. A través de un comunicado, Fonatur informó que los tramos Mérida-Cancún-Chetumal serán electrificados, lo que representa 680 kilómetros de ruta. La adaptación de la fuente de energía estará a cargo de la Comisión Federal de Electricidad.

En el documento del proyecto, Fonatur describió los riesgos asociados al Tren maya. Estos incluyen la posibilidad de no adquirir los terrenos que faltan para completar el trazado, el riesgo de que surjan obstáculos geológicos, el riesgo arqueológico y el riesgo de demanda.

Estos dos últimos son, probablemente los más graves. En cuanto al riesgo arqueológico, el proyecto ya tuvo que ser modificado para evitar el cruce con zonas arqueológicas, conforme avance la obra, esto podría seguir ocurriendo.

El riesgo de demanda se refiere a la posibilidad de que no haya tantos pasajeros como los que estimó Fonatur cuando ideó el proyecto. En este sentido, el estudio realizado por el Instituto Mexicano para la Competitividad describe un panorama negativo para el megaproyecto de la península yucateca.

De acuerdo con la relación entre el costo y el beneficio del proyecto, el tren maya necesitaría entre 6 y 9 millones de usuarios en el primer año, alrededor de 20 mil al día, para ser una inversión rentable. La estimación más positiva del proyecto contempla 325 mil pasajeros diarios, lo que se traduce en más de 100 millones al año. Sin embargo, la línea férrea más concurrida del mundo, una de las dos únicas rentables según el IMCO, que corre entre Tokio y Osaka en Japón transporta 452 mil pasajeros diarios en una región de flujo urbano, no turístico.

El tren maya apuesta por que los turistas y la industria del transporte de mercancías cambien las carreteras por las vías.

Al final, el tren tiene un Valor Presente Neto de 189 mil 900 millones de pesos y una Tasa Interna de Retorno Social de 16.9 por ciento. Es decir, de acuerdo con Fonatur, el proyecto es rentable gracias a que tiene un valor positivo considerable y puede retornar la inversión con beneficios, pero los cálculos de la dependencia están basados en proyecciones idealistas sobre lo que podría ocurrir en el futuro y no dejan margen de error para retrasos en la construcción o la posibilidad de una sobreestimación en la demanda regional.